La complejidad de las obras acometidas ha implicado su división en cuatro lotes, que comprenden la ejecución de los dos tubos, de 24,6 km cada uno de ellos, entre la Pola de Gordón (León) y Telledo (Asturias) y de dos viaductos también paralelos de 40 m.
Lote 1. Pola de Gordón-Folledo (León): Comprende la ejecución de los dos tubos (este y oeste) de los Túneles de Pajares entre La Pola de Gordón, donde se ubica el emboquille (punto de inicio de la perforación) de la boca sur, y la pedanía de Folledo. El Túnel Este (9,9 km) y el Túnel oeste (11 km) están terminados, igual que la galería de acceso intermedio de Folledo para explotación y mantenimiento. Comprende galerías de conexión cada 400m.
Lote 2. Folledo-Viadangos (León) Tramo central de la obra constituido por dos túneles, que se han construido con la misma tuneladora, y una galería de acceso (Buiza)) para acceder a la cota de dicho túnel. El Túnel Este (4,2 km), el Túnel Oeste (4,2 km) y la galería de acceso están acabados. Incorpora un Puesto de Parada Preferente que está en fase de ejecución y galerías de conexión cada 400 m..
Lote 3. Viadangos (León)-Telledo (Asturias) Túnel Este. Comprende la ejecución del tramo del Túnel Este entre Viadangos (León), donde se produce el entronque con el túnel ejecutado por el Lote 2, y Telledo (Asturias), lugar donde se encuentra el emboquille norte. Las obras de este tramo de 10,3 km de longitud están terminadas. En este lote se incluye además la construcción del emboquille en la vertiente asturiana, la cinta de transporte del material hasta el depósito y los viaductos del Huerna.
Lote 4. Viadangos-Telledo. Túnel Oeste. Incluye las obras ya finalizadas del tramo del Túnel Oeste (10,3 km) entre Viadangos (León), donde se produce el entronque con el túnel oeste ejecutado por el Lote 2, y Telledo (Asturias). Incluye galerías de conexión cada 400 m.