En 1912, la compañía de los ferrocarriles Madrid a Zaragoza y Alicante, M.Z.A. decidió adquirir unos terrenos junto a la antigua estación y encargó un proyecto mucho más ambicioso y representativo al arquitecto Narciso Clavería y Palacios, conde de Manila, y al ingeniero Ramón Peironcely, que estuviera en sintonía con la monumentalidad de la ciudad de Toledo. El resultado final alumbró un edificio de gran belleza estructural, claro exponente del estilo neomudéjar*, pleno de matices y de formas armónicas, que fue inaugurado en 1919. En su construcción, asumida por el francés M. Hourdillée, destaca el empleo de ladrillo, piedra, hierro y cemento. Narciso Clavería consigue con su diseño aunar los dos extremos de la concepción del edificio de viajeros: funcionalidad y estética.
Tal y como nos revela Gonzalo Garcival en su libro “Tesoros de España. Estaciones de Ferrocarril”: “Clavería planeó la fábrica del inmueble como lo hubiera hecho un alarife* de la España cristiano-musulmana: ceramistas, vidrieros, carpinteros, forjadores de hierro, oficiales de una artesanía que todavía contaba aquellos años con efectivos indígenas. El maestro forjador Julio Pascual Martínez cinceló la cerrajería, las lámparas, los numerosos apliques que decoran el inmueble. Los azulejos que cubren los zócalos son trabajo del ceramista local Ángel Pedraza.”